สำนักงานเลขานุการ จัดตั้งขึ้นตามประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง การจัดตั้งคณะเทคนิคการสัตวแพทย์ ลงวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2549 และประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในคณะเทคนิคการสัตวแพทย์ ลงวันที่ 31 ตุลาคม พ.ศ. 2549 โดยได้แบ่งเป็น 5 งาน ดังนี้
1. งานบริหารและธุรการ
2. งานคลังและพัสดุ
3. งานนโยบายและแผน
4. งานบริการการศึกษา
5. งานประกันคุณภาพการศึกษา